Les engrais organiques sont le plus souvent d’origine animale et/ou végétale. Ils peuvent aussi être synthétisés, comme l’urée.

Les premiers sont de nos jours typiquement des déchets industriels, tels que des déchets d’abattoir : sang desséché, corne torréfiée, déchets de poissons, boues d’épuration des eaux. Ils sont intéressants pour leur apport en azote à décomposition relativement lente, et pour leur action favorisant la multiplication rapide de la microflore du sol, mais n’enrichissent guère le sol en humus stable.

D’autres sont issus de déchets végétaux : biodéchets végétaux, résidus verts, compostés ou pas, et ils peuvent être constitués aussi de plantes spécialement cultivées comme engrais vert (ou préparées dans ce but, comme le purin d’ortie), ou des produits à base d’algues.

Ce sont aussi des sous-produits de l’élevage, tels que les fumiers, composés pour la plupart de litière végétale et de déjections; celles-ci ne sont pas principalement des matières animales, mais des végétaux plus ou moins digérés: lisier, fientes, etc.